武汉地震工程研究院有限公司的前身为湖北省地震局工程勘测研究院。
1. 1999年11月—2002年4月，湖北省地震局工程勘测研究院
1999年11月12日，湖北省地震局以鄂震发[1999]90号文决定组建湖北省地震局工程勘测研究院（以下简称工勘院），为湖北省地震局下属事业单位（正处级）。其组成是以工程地震和工程勘测中心为基础，将减灾与遥感技术应用研究中心和三维科技开发总公司基础工程部从事工程开发研究的人员全部转入工勘院，同时撤销三中心。
工勘院不具独立法人地位，不设独立财务，但设独立账号，实行独立核算。
工勘院具有以下责任与义务：负责工程技术质量监督，制定项目实施方案和检查落实、实施情况，负责报告审批和签发；负责工勘院开展的业务资质证的考核和仪器仪表等计量认证；负责全部占有国有资产的增值、保值；独立承担由于工程质量问题引发的合同争议和质量问题的民事责任和一切经济责任。
工勘院1999年组建时领导班子为：
院 长：姚运生
副院长：龚 平
总工程师：秦小军
副总工程师：陈蜀俊
2000年6月，姚运生担任湖北省地震局副局长兼工勘院院长，陈蜀俊为副院长。
2. 2002年4月—2014年3月，武汉地震工程研究院
2002年4月22日，湖北省地震局以鄂震发函[2002]20号文，批准工勘院改制，由非独立法人注册为独立企业法人，7月完成了改制任务并更名为武汉地震工程研究院（下称“工程院”）。改制后的工程院成为中国地震局地震研究所下属的一个经济实体，实行事业单位、企业管理、独立核算、自负盈亏。
2005年，工程院接管武汉以太信息工程公司的业务，扩展了新的业务领域。
以太信息工程公司是从事计算机网络与通信的专业公司。1993年经东湖新技术开发区审定为高新技术企业，1998年获中国地震局先进企业称号。公司实行总理负责制，下设市场、工程、技术、财务等部门，经营方式为独立核算、自主经营，是隶属中国地震局地震研究所的全民所有制独立法人单位。
为了加强领导、统一规划，经地震研究所办公会议研究决定，2005年注销以太信息工程公司，其业务于2005年并入武汉地震工程研究院。
2006年10月，根据中华人民共和国建设部141号令《建设工程质量检测管理办法》和湖北省建设厅《关于印发﹤湖北省建设工程质量检测机构按新资质标准就位工作意见﹥的通知》（鄂建[2006]29号）文件精神，成立了湖北震泰建设工程质量检测有限责任公司，注册资金200万元，陈蜀俊同志任法人代表。
2002年7月—2003年10月，工程院领导班子成员为：
院 长：陈蜀俊
副院长：甘家思
总工程师：黄广思
副总工程师：饶扬誉
2003年10月，湖北省地震局以鄂震发[2003]11号文对武汉地震工程研究院领导班子进行调整，其组成是：
院 长：陈蜀俊
副院长：王 岚 黄 江
总工程师：黄广思
副总工程师：罗登贵
2010年10月—2013年3月，工程院领导班子成员为：
院 长：陈蜀俊
副院长：王岚 黄 江
总工程师：罗登贵
副总工程师：蔡永建 李 恒
2013年3月—2014年4月，工程院领导班子成员为：
院 长：陈蜀俊
副院长：黄 江 罗登贵
总工程师：蔡永建
副总工程师：李 恒 冯 谦
2014年4月至今，工程院领导班子成员为：
院 长：黄 江
副院长：罗登贵 冯 谦 蔡永建
总工程师：李 恒
副总工程师：郑水明
3. 2014年3月至今，武汉地震工程研究院有限公司
2014年3月，按照中国地震局对湖北省地震局经营性国有资产管理改革方案的批复（中震函[2013]118号），将武汉地震工程研究院进行企业名称变更，变更后的企业名称为武汉地震工程研究院有限公司。
2014年6月，根据中国地震局中震函[2013]118号文件和湖北省地震局鄂震发[2013]53号文件精神，为进一步理顺管理关系，将湖北震泰建设工程质量检测有限责任公司划归为武汉地震工程研究院有限公司下属企业。
